Прошло 200 лет после гибели лейтенанта Рипли, но ученым удалось вернуть ее к жизни с помощью экспериментов клонирования. На военно-исследовательском корабле "Аурига" ученым удается извлечь из клона Рипли эмбрион королевы Чужих. Под постоянным наблюдением ученых королева очень быстро развивается и вскоре начинает откладывать яйца. Тем временем на корабль попадает команда наемников, которые доставляют груз - людей, которых используют, как носителей для эмбрионов Чужих. Нескольким особям Чужих удается покинуть клетки и вырваться на свободу. Теперь Рипли объединяет усилия с оставшимися в живых военными, чтобы уничтожить всех Чужих и их королеву и ни в коем случае не дать "Ауриге" состыковаться с Землей.